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 Julien PONTABRY
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    Tractographie en IRM de diffusion : Application au cerveau de foetus.

    Vue coronale de la tractographie des faisceaux du cerveau d'un foetus (corps calleux, pyramidaux)    Vue sagitale de la tractographie des faisceaux du cerveau d'un foetus (corps calleux, pyramidaux)

    Vues coronale et sagitale de la tractographie de faisceaux du cerveau d'un foetus (corps calleux, pyramidaux).

    Vue axiale de la carte de connectivité du corps calleux    Vue coronale de la carte de connectivité du corps calleux    Vue sagitale de la carte de connectivité du faisceau pyramidal moteur

    Vue axiale et coronale de la carte de connectivité du corps calleux (gauche et milieu) et vue sagitale de la carte de connectivité du faisceau pyramidal (droite) du cerveau d'un foetus.

    Description

    Le cerveau est principalement composée de matières grise et blanche. La matière blanche est majoritairement formé d'un tissu d'aspect fibreux naturellement provoqué par la partie axonale des neurones. L'eau contenue dans le cerveau humain est contrainte par cet enchevêtrements de tissus et diffuse le long de ceux-ci, révélant leurs trajectoires. L'IRM de diffusion est une technique permettant de capturer l'intensité de la diffusion de l'eau dans un espace. Les images formées sont ainsi des indications indirectes sur les trajectoires suivies par les paquets de fibres connectant une partie du cerveau à une autre. La tractographie consiste à déterminer ces trajectoire à l'aide d'images IRM de diffusion.

    D'un aspect clinique, la tractographie d'une image IRM de diffusion d'un patient permet par exemple de vérifier les connections entre les différentes zones du cerveau (moteur, sensorielles, etc.) ou de préparer une opération (localisation). L'intérêt de cette technique pour la recherche est de mieux connaître le réseau de connections du cerveau et d'en étudier l'évolution, par exemple chez le foetus.

    Le but de la tractographie est donc de tracer une trajectoire suivant la diffusion contrainte de l'eau dans le cerveau en utilisant des données bruitées (le bruit est du au système, à l'environnement, etc.). La solution proposée ici se base sur des méthodes de trajectographie dans des séquences vidéos (filtrage particulaire). Cette méthode permet un parcours efficace de l'espace de solution tout en gardant une certaine robustesse au bruit. Les observations brutes sont modélisées par des harmoniques sphériques permettant d'obtenir en chaque point de l'image une fonction de densité de probabilité de la diffusion.

    Cadre

    Ces recherches s'incrivent dans le cadre d'un projet européen ERC Starting Grants sur l'étude de la maturation cérébrale.

    Avec

    Publications

    Publications associées

    Logiciel

    BTK (sources, documentation)


    Enseignement

    Année 2011-2012


    Programmation : JavaScript (PROG4)

    DUT Services et Réseaux de Communication 2ème année, IUT de Haguenau

    Description

    De nos jours, l'interface d'un site web se doit d'être dynamique. Le seul langage HTML ne suffit pas dans cette tâche. En plus d'être un langage orienté objet, le JavaScript permet de rendre un site web codé en HTML plus dynamique. Ce module vise à apprendre aux étudiants la manipulation d'un langage de programmation orienté objet et à appliquer ces connaissances à la conception de sites web dynamiques grâce au JavaScript.


    Outils de gestion et de modélisation informatique (OMGI)

    DUT Services et Réseaux de Communication 1ère année, IUT de Haguenau

    Description

    Les outils informatique de gestion et de modélisation de données (tableur, présentation) sont prépondérant pour la présentation efficace de données à un public. Ce module de bureautique vise à apprendre aux étudiants l'utilisation de tels outils. Le tableur OpenOffice Calc et de l'outil de présentation OpenOffice Impress sont étudiés tout au long des TP composant ce module.


    Harmonisation (maths)

    DUT Services et Réseaux de Communication 1ère année, IUT de Haguenau

    Description

    Les étudiant venant de tous horizons, il est souvent important d'harmoniser leur niveau en mathématiques. Ce module vise à leur fournir les bases essentielles de mathématiques nécessaires pour l'apprentissage de l'informatique.




    Année 2010-2011


    Outils de gestion et de modélisation informatique (OMGI)

    DUT Services et Réseaux de Communication 1ère année, IUT de Haguenau

    Description

    Les outils informatique de gestion et de modélisation de données (tableur, présentation) sont prépondérant pour la présentation efficace de données à un public. Ce module de bureautique vise à apprendre aux étudiants l'utilisation de tels outils. Le tableur OpenOffice Calc et de l'outil de présentation OpenOffice Impress sont étudiés tout au long des TP composant ce module.


    Programmation : JavaScript (PROG4)

    DUT Services et Réseaux de Communication 2ème année, IUT de Haguenau

    Description

    De nos jours, l'interface d'un site web se doit d'être dynamique. Le seul langage HTML ne suffit pas dans cette tâche. En plus d'être un langage orienté objet, le JavaScript permet de rendre un site web codé en HTML plus dynamique. Ce module vise à apprendre aux étudiants la manipulation d'un langage de programmation orienté objet et à appliquer ces connaissances à la conception de sites web dynamiques grâce au JavaScript.


    Publications


    Publications en 2011

    Communications internationales avec actes

    J. Pontabry, F. Rousseau

    Probabilistic Tractography Using Q-Ball Modeling and Particle Filtering, Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention 2011-MICCAI-Pontabry.pdf

    Toronto, Canada, pp. 209--216, Springer-Verlag, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 6892, doi:10.1007/978-3-642-23629-7_26, septembre 2011


    Communications nationales avec actes

    F. Rousseau, E. Oubel, J. Pontabry, M. Koob, J.-L. Dietemann

    Reconstruction Methods for in-utero Fetal Brain MRI, Recherche en Imagerie et Technologies pour la Santé (RITS) rits_2011.pdf

    Rennes, France, avril 2011


    Communications et publications diverses

    F. Rousseau, E. Oubel, J. Pontabry, C. Studholme, M. Koob, J.-L. Dietemann

    An Open-Source Toolkit for Fetal Brain MR Image Processing, MICCAI Workshop : Image Analysis of Human Brain Development

    Toronto, Canada, 2011




    -- Dernière modification effectuée le 17 février 2012 à 16:11 --