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| Julien PONTABRY |
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Recherche
Tractographie en IRM de diffusion : Application au cerveau de foetus.

Vues coronale et sagitale de la tractographie de faisceaux du cerveau d'un foetus (corps calleux, pyramidaux).

Vue axiale et coronale de la carte de connectivité du corps calleux (gauche et milieu) et vue sagitale de la carte de connectivité du faisceau pyramidal (droite) du cerveau d'un foetus.
Description
Le cerveau est principalement composée de matières grise et blanche. La matière blanche est majoritairement formé d'un tissu d'aspect fibreux naturellement provoqué par la partie axonale des neurones. L'eau contenue dans le cerveau humain est contrainte par cet enchevêtrements de tissus et diffuse le long de ceux-ci, révélant leurs trajectoires. L'IRM de diffusion est une technique permettant de capturer l'intensité de la diffusion de l'eau dans un espace. Les images formées sont ainsi des indications indirectes sur les trajectoires suivies par les paquets de fibres connectant une partie du cerveau à une autre. La tractographie consiste à déterminer ces trajectoire à l'aide d'images IRM de diffusion.
D'un aspect clinique, la tractographie d'une image IRM de diffusion d'un patient permet par exemple de vérifier les connections entre les différentes zones du cerveau (moteur, sensorielles, etc.) ou de préparer une opération (localisation). L'intérêt de cette technique pour la recherche est de mieux connaître le réseau de connections du cerveau et d'en étudier l'évolution, par exemple chez le foetus.
Le but de la tractographie est donc de tracer une trajectoire suivant la diffusion contrainte de l'eau dans le cerveau en utilisant des données bruitées (le bruit est du au système, à l'environnement, etc.). La solution proposée ici se base sur des méthodes de trajectographie dans des séquences vidéos (filtrage particulaire). Cette méthode permet un parcours efficace de l'espace de solution tout en gardant une certaine robustesse au bruit. Les observations brutes sont modélisées par des harmoniques sphériques permettant d'obtenir en chaque point de l'image une fonction de densité de probabilité de la diffusion.
Cadre
Ces recherches s'incrivent dans le cadre d'un projet européen ERC Starting Grants sur l'étude de la maturation cérébrale.
Avec
Publications
Publications associées
- Reconstruction Methods for in-utero Fetal Brain MRI, RITS 2011

- An Open-Source Toolkit for Fetal Brain MR Image Processing, MICCAI 2011 Workshop

Logiciel
Enseignement
Année 2011-2012
Programmation : JavaScript (PROG4)
DUT Services et Réseaux de Communication 2ème année, IUT de Haguenau
Description
De nos jours, l'interface d'un site web se doit d'être dynamique. Le seul langage HTML ne suffit pas dans cette tâche. En plus d'être un langage orienté objet, le JavaScript permet de rendre un site web codé en HTML plus dynamique. Ce module vise à apprendre aux étudiants la manipulation d'un langage de programmation orienté objet et à appliquer ces connaissances à la conception de sites web dynamiques grâce au JavaScript.
Outils de gestion et de modélisation informatique (OMGI)
DUT Services et Réseaux de Communication 1ère année, IUT de Haguenau
Description
Les outils informatique de gestion et de modélisation de données (tableur, présentation) sont prépondérant pour la présentation efficace de données à un public. Ce module de bureautique vise à apprendre aux étudiants l'utilisation de tels outils. Le tableur OpenOffice Calc et de l'outil de présentation OpenOffice Impress sont étudiés tout au long des TP composant ce module.
Harmonisation (maths)
DUT Services et Réseaux de Communication 1ère année, IUT de Haguenau
Description
Les étudiant venant de tous horizons, il est souvent important d'harmoniser leur niveau en mathématiques. Ce module vise à leur fournir les bases essentielles de mathématiques nécessaires pour l'apprentissage de l'informatique.
Année 2010-2011
Outils de gestion et de modélisation informatique (OMGI)
DUT Services et Réseaux de Communication 1ère année, IUT de Haguenau
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Les outils informatique de gestion et de modélisation de données (tableur, présentation) sont prépondérant pour la présentation efficace de données à un public. Ce module de bureautique vise à apprendre aux étudiants l'utilisation de tels outils. Le tableur OpenOffice Calc et de l'outil de présentation OpenOffice Impress sont étudiés tout au long des TP composant ce module.
Programmation : JavaScript (PROG4)
DUT Services et Réseaux de Communication 2ème année, IUT de Haguenau
Description
De nos jours, l'interface d'un site web se doit d'être dynamique. Le seul langage HTML ne suffit pas dans cette tâche. En plus d'être un langage orienté objet, le JavaScript permet de rendre un site web codé en HTML plus dynamique. Ce module vise à apprendre aux étudiants la manipulation d'un langage de programmation orienté objet et à appliquer ces connaissances à la conception de sites web dynamiques grâce au JavaScript.
Publications
3 publications
Publications en 2011
Communications internationales avec actes
Probabilistic Tractography Using Q-Ball Modeling and Particle Filtering, Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention ![]()
Toronto, Canada, pp. 209--216, Springer-Verlag, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 6892, doi:10.1007/978-3-642-23629-7_26, septembre 2011
Communications nationales avec actes
Reconstruction Methods for in-utero Fetal Brain MRI, Recherche en Imagerie et Technologies pour la Santé (RITS) ![]()
Rennes, France, avril 2011
Communications et publications diverses
An Open-Source Toolkit for Fetal Brain MR Image Processing, MICCAI Workshop : Image Analysis of Human Brain Development
Toronto, Canada, 2011

